Cancer Cell|最新发表的单细胞成纤维细胞分析代码，速来学习！！！

简介
成纤维细胞在维持组织稳态、应对炎症和纤维化状况、帮助伤口愈合以及促进癌症进展的复杂舞蹈中起着关键作用。在癌症领域，成纤维细胞已成为肿瘤微环境（TME）中的核心人物，发挥着多方面的作用。这些作用包括细胞外基质（ECM）的沉积和重塑，与癌细胞进行复杂的相互信号相互作用，以及与浸润的白细胞进行复杂的串扰。因此，它们将自己视为优化癌症治疗策略的有前途的靶标。然而，许多挑战阻碍了调节癌症相关成纤维细胞（CAF）以获得治疗益处的持续努力。多项研究强调了成纤维细胞的异质性和可塑性是寻求 CAF 靶向治疗的主要障碍。全面了解疾病相关的成纤维细胞状态、它们与免疫细胞的相互作用模式以及它们对临床结果的影响，可能为疾病管理和治疗干预提供新的机会。

单细胞 RNA 测序 （scRNA-seq） 彻底改变了我们对成纤维细胞异质性的理解，导致鉴定出在各种组织类型中具有不同功能和病理状态的成纤维细胞亚群。尽管各种研究提供了有价值的见解，但由于使用了不同的测序方法和分析方法，因此从这些研究中比较和提取细微差别仍然具有挑战性，这阻碍了我们对成纤维细胞异质性的理解。为了阐明具有潜在治疗意义的成纤维细胞的共同特征，必须统一在健康和病理组织中观察到的成纤维细胞身份。在这里，文章整合了来自 517 个人类样本的 scRNA-seq 数据，以构建人类成纤维细胞在健康和疾病状态下的全面视图。除了先前定义的成纤维细胞簇之外，还确定了尚未得到充分描述的成纤维细胞簇，包括具有不同表型和功能的 HOPX 肌成纤维细胞、SFRP2 肌成纤维细胞和 MMP1 成纤维细胞。我们对每个成纤维细胞簇的通路激活和转录因子 （TF） 调控网络的深入表征揭示了控制成纤维细胞表型的不同调控过程。我们还证明了 LRRC15 成纤维细胞及其祖先 PI16 成纤维细胞的功能差异，其比例与患者预后有关。然后，我们定义了肿瘤患者的成纤维细胞免疫细胞共生模式，确定了多个成纤维细胞相关细胞群落，每个细胞群落都有独特的功能特征和临床意义。最后，我们询问了多细胞模块的空间组织，包括两个具有免疫抑制特性的模块。这项工作揭示了不同疾病背景下不同成纤维细胞亚群的详细功能特征，并为了解成纤维细胞表型和功能异质性的复杂性提供了前所未有的资源，并指导针对多种人类癌症类型的有效 CAF 靶向疗法的开发。

文章地址：跨组织人成纤维细胞图谱揭示了肌成纤维细胞亚型在免疫调节中具有不同的作用：癌细胞 (cell.com)

代码地址：GitHub - aliceygao/pan-Fibroblast

原始数据


分析结果

通过整合来自 11 个组织和 43 种健康/疾病状况的 517 个人类样本的成纤维细胞单细胞数据，我们的研究揭示了成纤维细胞被低估的转录异质性，确定了 20 种强大的成纤维细胞亚型，并提供了它们的分子和功能表型、谱系关系和空间分布特征的深入表征。由于来自不同实验室的数据集的异质性，定义准确反映转录差异且具有高精度和生物学相关性的成纤维细胞簇是具有挑战性的。我们鉴定的 20 种亚型表现出相当大的异质性、内部同质性和高可分离性，并且可以通过不同的数据集成方法可靠地再现，为在泛组织水平破译成纤维细胞异质性提供精细的分辨率。

分析代码

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