Linux服务器安装SRAToolkit教程

2024/10/26 5:20:44 来源：https://blog.csdn.net/qq_51566832/article/details/143089669 浏览: 次关键词：Linux服务器安装SRAToolkit教程

SRAToolkit是由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的一个工具集，用于下载、读取和转换SRA（Sequence Read Archive）格式的数据文件。这些数据文件包含了大规模的核酸序列数据，对于基因组学研究至关重要。本教程将指导你在Linux服务器上安装SRAToolkit。

关于windows如何链接服务器可以看我的教程：

FinalShell连接Linux服务器并解决反复输入密码问题_finalshell重复登录-CSDN博客

本教程也以FinalShell做示范

1.下载到服务器

2.解压并安装

3.简单使用

1.下载到服务器

打开NCBI：

National Center for Biotechnology Information (nih.gov)

下载工具处找到SRA Toolkit：

可以右键选择复制链接后用Wget下载，也可以本地下载后上传服务器：

这里我们使用wget的方法：

mkdir ~/SRATool
cd ~/SRATool
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64.tar.gz

tar -xzf sratoolkit.3.1.1-ubuntu64.tar.gz

配置环境：

echo 'export PATH=$PATH:$HOME/SRAToolkit/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64/bin ' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
vdb-config --interactive   #x退出

prefetch SRR030834    #下载.sra文件
fastq-dump --split-e ./SRR030834/SRR030834.sra  #将.sra文件转换成.fastq文件

以上就是安装的全部内容，有什么问题欢迎评论区讨论。